يهدف مشروع موسوعة الأقليات لإيجاد مصدر حديث وعلمي وميسّر للوصول إلى المعلومات الخاصة بالأقليات المسلمة حول العالم نظراً لقلة المصادر التي تلبي الغرض فيما يخص هذه المسألة، وسيقوم المشروع من خلال مختصين وباحثين من مختلف المناطق الجغرافية بإعداد الدراسات بشكل علمي واستقصائي يضمن توفر الشروط العلمية اللازمة في البحث لرفد المكتبة الإنسانية والمهتمين بشؤون الاقليات بمادة ثرية من شأنها أن تكون لبنة مهمة في خدمة قضايا الأقليات.